La singular ubicación de Villares, a los pies de la Sierra del Alto Rey, así como la escasa influencia que la mano del hombre ha ejercido sobre estos parajes, ha permitido que su entorno natural se mantenga en un magnífico estado de conservación.

Villares está regado por el río Bornova, que vierte sus aguas al Henares, y por el rio La Vega, menos caudaloso que el anterior, asó como por numerosos arroyos como el de la Casa, el Regatillo o el de la Ceja. Los limpios ríos y arroyos que surcan la localidad están poblados por una exuberante vegetación de ribera, dominada por fresnos y alisos, así como por valiosas especies de peces.

Los robledales y otros bosques que proliferan en el término de Villares resultan un excelente hábitat para la fauna, siendo abundantes las especies de caza mayor como el corzo o el jabalí. Pese a ser muy difíciles de observar, las huellas y excrementos dejan constancia de que otros muchos mamíferos, como son el zorro, la garduña o el gato montés, habitan aún estos montes en total tranquilidad.

Asimismo, la proximidad de la Sierra del Alto Rey posibilita la presencia de numerosas especies de aves, entre las que destacan por su vistosidad las grandes rapaces. Halcones peregrinos, águilas reales, buitres leonados o alimoches son fáciles de divisar mientras surcan estos parajes en busca de alimento.